滴蟲性攝護腺炎的臨床症狀與細菌性攝護腺炎大致相同，可以表現出排尿終末時疼痛，會陰部鈍痛，直腸墜脹等不適。急性發作時，還可以出現尿頻、尿急、尿痛等尿路刺激症狀，甚至發熱等全身症狀。

滴蟲性攝護腺炎患者在門診查出滴蟲一般比較困難，即使取新鮮尿液標本或者攝護腺標本進行顯微鏡檢，也常常需要反復多次才能發現滴蟲。詢問配偶有無陰道滴蟲病史對診斷非常有益。由於男性的滴蟲幾乎無例外地來自女方的傳染，而婦女進行陰道滴蟲檢查則既方便又準確，為此，無論是男方直接查出滴蟲，還是女方患有滴蟲性陰道炎，夫妻雙方都應該共同口服滅滴靈進行治療。